من أهم مديريات دائرة الأوقاف الإسلامية وشؤون المسجد الأقصى المبارك، والتي تعمل على الحفاظ على أمن المسجد الأقصى المبارك وإظهاره بالمظهر الذي يليق به كمسجد إسلامي نفيس.

يتبع مديرية المسجد الأقصى المبارك مجموعة من الأقسام هي:

  • قسم الوعظ والإرشاد ومن مهامه:

    • تقديم الدروس الدينية يوميا قبل صلاة الظهر في محراب المسجد الأقصى المبارك ومحراب قبة الصخرة المشرفة.
    • تقديم الدروس الدينية  يوميا بين صلاتي المغرب والعشاء في محراب المسجد الأقصى المبارك ومحراب قبة الصخرة المشرفة.
    • اعداد برنامج صلاة التراويح خلال شهر رمضان المبارك في المسجد الأقصى المبارك.
    • متابعة المؤذنين والأئمة داخل المسجد الأقصى المبارك وقبة الصخرة المشرفة.
    • تنظيم دور المقرئين في المسجد الأقصى المبارك خلال أيام الجمع وشهر رمضان المبارك.
    • تنظيم برامج المناسبات الدينية مثل الهجرة النبوية وذكرى المولد النبوي وعيد الأضحى المبارك وعيد الفطر.
    • تنظيم صلاة الخسوف والكسوف والاستسقاء عند الحاجة.
  • قسم الحراسة ومن مهامه:

    •  تقديم الدعم والمستلزمات لطاقم الحراسة لمساعدتهم على القيام بمهماهم بأفضل صورة.
    • تفقد المصليات والساحات للحفاظ على أمنه وحرمته.
    • ترتيب صفوف المصلين في المساجد.
    • منع الظواهر السلبية داخل المسد الأقصى المبارك مثل التسول والسرقة والشعوذة.
    • مراقبة المتطرفين اليهود المقتحمين للمسجد والتصدي لانتهاكاتهم للحفاظ على حرمة المسجد الأقصى المبارك.
  • قسم البستنة ومن مهامه:

    • تقليم أشجار المسجد الأقصى المبارك والحفاظ عليها خضراء نضرة.
    • متابعة سلامة الاشجار احتى لا تشكل خطرا على المصلين في الساحات والبساتين.
    • الري الدائم للأشجار والورود وجميع النباتات في المسجد الأقصى المبارك.
    •  
  • قسم السدنة ومن مهامه 

    • ترتيب المصاحف والمحافظة عليها وترميمها     
    • المحافظة على نظافة السجاد والاثاث داخل المساجد    
    • .تجهيز المصليات المسقوفة لاستقبال المصلين     
  •    
  • قسم النظافة ومن مهامه:

    • المحافظة على نظافة الساحات
    • المحافظة على نظافة دورات المياه